Las características anteriormente expuestas para diferenciar las clases de metabolitos, al igual que todas las reglas tienen sus excepciones, que son las siguientes:
- Por ejemplo algunos ácidos grasos y azucares (de bajo peso molecular), que son descritos como metabolitos primarios, pero algunos de ellos pueden ser extremadamente raros y solo hallarse en algunas especies.
- Los esteroides son fundamentales para el ser vivo, pero poseen un peso molecular bajo, provienen de la síntesis de terpenos (un grupo de metabolitos secundarios), pueden tener actividades farmacológicas interesantes y sus diferentes variedades están restringidas a diferentes organismos.
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